Как широко известно, кликер-дрессировка родилась из метода обучения дельфинов и других морских млекопитающих. В их случае она полностью оправдала себя, но когда эту систему перенесли на дрессировку других животных, возникли некоторые сложности.

  Кликер-дрессировка предполагает образование стойких условно-рефлекторных связей с помощью положительного подкрепления, исходящего от хозяина (владельца/дрессировщика) животного. В случае с асоциальными животными, либо с животными живущими группой - обычно никаких отклонений в поведении не происходит, но у собак есть одна немаловажная особенность.
  Собака, как и человек, это высокосоциальное существо, одной из важнейших потребностей которого является общение. И не только с представителями своего вида, а, что важнее, с членами своей стаи - то есть, обычно, со своими хозяевами.

Как известно избыток отрицательного подкрепления при дрессировке собаки может подорвать ее доверие к хозяину и сильно осложнить его совместную жизнь с собакой. Что собаке не комфортно постоянно находиться в состоянии страха - думаю можно не говорить, и так понятно.
Давайте рассмотрим, к чему приводит избыток положительного подкрепления.

  Во-первых, кликер-дрессировка рассчитана на любые жизненные ситуации, то есть кликер используется постоянно, для того чтобы закрепить у собаки определенное поведение в каждой жизненной ситуации.
Следствие: собака учится "слушать" хозяина, реагировать на любое его предложение, просьбу, но совершенно перестает думать сама и действовать самостоятельно. Хозяину это очень удобно. Собака же становится фактически "вечным ребенком". Она полностью физически, психологически и эмоционально завязана на хозяина. Отсюда развивается избыточная инфантильность, а следовательно - эмоциональность.

  Во-вторых: собака не получает никаких стрессовых ситуаций, она "разучивается" правильно реагировать на подобные ситуации, и любая резкая смена обстановки, привычного быта и т.д. (отъезд хозяина, резкое изменение графика прогулок-кормления) может привести к нервному срыву. А так как психика подобной собаки напоминает психику щенка, она крайне подвержена образованию различных неврозов и фобий.

  В-третьих: подобные собаки не выживают на улице, они не способны принимать самостоятельные решения, их крайне сложно поставить на защиту хозяина. При смене хозяина, если только собака не попадает в руки опытного кликерщика, ее психика идет вразнос.

Опыт Европы и Америки показателен в данном вопросе. Фактически в каждой клинике есть специалист по поведенческой медицине, который гораздо чаще решает проблемы гиперактивности, сверхэмоциональности, боязни одиночества, навязчивого поведения и пр., чем агрессии.
Почему же там продолжают использовать кликер?
Все очень просто.

В Европе и Америке имеется закон о защите прав животных. Любой дрессировщик, применяющий механические методы, может попасть в тюрьму или на большой штраф и лишение лицензии за жестокое обращение с животными. Поэтому "старые проверенные методы" используются только в полицейских питомниках и кинологических центрах, они не могут себе позволить дрессировать собак с помощью кликера. Им нужны железные по психике собаки, легко переходящие от хозяина к хозяину.

Как известно, любая хорошая вещь имеет оборотную сторону.
Так что, ИМХО, поголовная кликер-дрессировка пока не для наших российских реалий.